在日本設立公司，完成登記只是起點；KK、GK 或支店、資本金、股權比例、投資人所在地與出資方式，都會從第一天起決定後續稅務路徑。本主題說明消費稅免稅與中小企業制度門檻、實質受益人與員工選擇權、股利扣繳與 CFC、技術或 IP 出資、增減資與清算，以及設立初期固定成本，協助你在成立與投入資金前看清整體成本。
稅怎麼算，兩種形態沒有根本差別。差別出現在分公司這個選項上：設分公司，等於把台灣總公司一起帶進日本的稅務，好處和代價都有。 你在日本落腳，可以登記成台灣公司的日本分公司，也可以登記成一家獨立的日本公司。日本公司常用的有株式會社（KK）與合同會社（GK）兩種，兩種都是獨立的日本法人。台灣新創進日本，通常以設 KK 或 GK 為主。 不管你設的是分公司，還是 KK 或 GK，在法人稅與消費稅（相當於台灣的營業稅）的算法上都沒有根本差別。你不必為了「哪一種比較省」在它們之間反覆試算。
為什麼這兩條路真正的差別不在稅率，在納稅人是誰。你設 KK 或 GK，那家日本公司自己就是納稅人。你設分公司，它在日本稅法上不是一家獨立的公司，納稅人是台灣總公司本身。下面一好一壞兩件事，都是從這一點來的。 假設你選擇分公司型態，要特別注意，這個形態會額外帶來一好一壞的兩面性延伸變化。好的那一面是，你可以把台灣總公司的一般管理費分攤到日本分公司。壞的那一面有兩層。第一層是，日本國稅局查帳時會要求你拿出台灣總公司的帳簿，證明分攤過來的費用算得合理。如果無法證明分攤合理，部分或全部共同費用可能不被認列為稅務上的可扣除費用（損金），使日本分公司的課稅所得增加，並面臨補稅，包括少報加算稅與延滯稅。第二層是，消費稅的免稅判定在分公司架構下，看的是台灣總公司的資本額，不是日本分公司的規模。
怎麼做1. 決定形態的時候，把你在日本的據點登記成一家日本公司，KK 或 GK 都可以。要想清楚的是另一個問題：你有沒有非設分公司不可的理由？沒有的話就不要選分公司，台灣總公司的帳也就不會被日本國稅局要求提出。 2. 如果你有非設分公司不可的理由，動工之前先把兩件事放進計畫。第一，台灣總公司分攤到日本分公司的每一筆總部費用，當場留下算得出來的分攤依據，不要等查帳時再回頭補。第二，做第一年的預算時，不要預設你可以免掉消費稅。
案例案例：一家台灣企業為了壓低初期費用，在日本設了分公司。日本國稅局後來查這家分公司的帳，要求它證明從台灣總公司分攤過來的共同費用算得妥當。這家公司因此提出了台灣總公司的詳細財務資料，並且花了比預期更多的時間，才把分攤依據說明清楚。
如果沒有別的限制，一開始把日本子公司登記的資本金設在 999 万円以下。實際金額則依公司需要的營運資金，以及客戶、金融機構等對公司的信用評估來決定。決定這個數字的是兩項稅。一項是消費稅，相當於台灣的營業稅。另一項則是法人住民稅的均等割，就是不管公司賺錢賠錢，每年都要繳的那筆定額。 這兩項稅的分界線都畫在 1,000 万円，但兩邊看的金額不一樣。消費稅看的是登記簿上的資本金「未滿 1,000 万円」。資本金設成 999 万円，日本子公司從設立起最多兩個會計年度都不必申報也不必繳。設成剛好 1,000 万円，第一年就要繳。 均等割看的是登記簿上的資本金，加上帳上的資本準備金，兩者的合計。門檻是「1,000 万円以下」，合計剛好 1,000 万円還留在最低這一級。在東京 23 區，合計 1,000 万円以下、員工 50 人以下的公司，均等割一年 7 万円。超過就跳到 18 万円以上。 不過，這項設定原則有一個前提：你沒有別的門檻要先滿足。最常見的是「経営・管理在留資格」，那是外國人在日本自己開公司、自己經營時要拿的居留資格。從 2025 年 10 月起，它要求的資本金或出資總額是 3,000 万円以上，遠高於上面的建議上限。只要你有辦這張在留資格的需求，這項原則就不適用。另一個是業別的特別許可，例如收費的人力仲介，另有資產門檻。
為什麼均等割是固定支出的地方稅，不隨獲利浮動。公司這一年賠錢，法人稅可以是零，均等割照樣要繳。所以資本金和資本準備金的合計寫過 1,000 万円，多出來的均等割成本不是一次性的，而是每一年都會重複的一筆支出。
怎麼做1. 決定資本額的那一天，兩個數字一起看。登記的資本金設在 999 万円以下，實際金額依營運資金與信用需求決定；同時把資本金和資本準備金的合計控制在 1,000 万円以下。這兩個數字在設立登記時就定了，之後要改得另外辦增資或減資。 2. 在把金額往下壓之前，先回答兩個問題：你要不要辦経営・管理在留資格？你的業別要不要特別許可？任何一個答案是「要」，就以這個需求的規定門檻定資本額。
案例案例：一家台灣母公司為了提高日本客戶對新公司的信任，把日本子公司的資本金訂在剛好 1,000 万円。因為不是「未滿」1,000 万円，這家子公司從設立第一年起就是消費稅的納稅義務人，設立之後才發現這個減免已經拿不到。
可以發，但實務上極難取得日本的稅制優惠。認股權是公司給員工在未來用約定價格買股票的權利。日本對認股權有一套稅制優惠，前提是標的股票由日本公司發行。台灣母公司的股票不在這個前提裡面。 日本的認股權稅制優惠，決定的是員工最後實際拿到手的錢。沒有稅制優惠，員工在行使認股權的那一天，行使的利益就按薪水課稅。有稅制優惠，就要等他把股票賣掉、現金入袋，才課這一筆，而且稅率比較低。
為什麼日本的稅制優惠綁在標的股票的發行公司身上，制度設計時想的是以日本公司發行的股票為標的的認股權。2024 年度的稅制改正，確實鬆綁了認股權的稅制優惠，但鬆綁的項目中，沒有一項處理到以外國母公司股票為標的的認股權。 以外國公司發行的股票為標的的員工認股權，這套制度沒有訂出明確的適用條件。要讓它滿足要件，實務上要做的評價與手續都很複雜。
怎麼做1. 你要用認股權留住在日本的員工，就把標的訂成日本子公司自己的股票，不要用台灣母公司的股票當標的。 2. 由於牽涉公司的股權結構，報酬方案還在設計階段，就把日本的稅務與法務找進來一起做，否則等到員工要行使那一天才想到要改，是來不及的。
案例案例：一家台灣母公司發了認股權給日本子公司的日本區負責人，標的是台灣母公司自己的股票。這份設計不符合日本稅制優遇的要件，結果是這位負責人在行使的那一天，行使的利益被當成薪水課稅，適用最高 55% 的稅率。如果在發放之前就照日本的要件設計，這筆利益要等他賣股票時才課，大約才 20%。
日本這一端會先扣一筆源泉稅，也就是付款當下直接扣下來的稅。什麼都不做是 20.42%，在期限內交出一張申報書，就降為 10%。 那張申報書由日本子公司交到所轄的稅務署，最晚要在盈餘分派支付日的前一天送出。它在日本的正式名稱是「外国居住者等所得相互免除法に関する届出書」，去要表格的時候要用這個名稱。台灣母公司從日本子公司取得的股利，依日台民間租稅取決，源泉稅可降為 10%，沒有持股比例或持有期間的條件。 萬一來不及在期限前送出，那就先按 20.42% 被扣，之後另外提出申請，要回多扣的部分。不過那是另一套手續，退款也需要等待一段時間。
為什麼這個減免要自己申請，日本的稅務署不會因為你本來就符合條件，就自動給你低稅率。申請書在盈餘分派支付日的前一天沒有送進稅務署，隔天付款時就先按 20.42% 扣款。台灣與日本之間沒有政府對政府的租稅協定，這個減免來自民間簽的租稅取決，再透過日本為了實施它而訂的一部國內法（外国居住者等所得相互免除法）落地。申報書的名稱裡寫的就是那部國內法的名字，不是「租稅條約」。拿表格的時候，要注意名稱才不會拿錯。
怎麼做1. 董事會決議盈餘分派的議程中，就把申報書的工作時程一起排進去。交件的期限是盈餘分派支付日的前一天，不是決議日，也不是年度的申報期。 2. 申請前，先確認申報書是否能在期限內送出。10% 的優惠稅率沒有持股比例或持有期間的條件，必須在期限內提出申報。
案例案例：一家日本子公司第一次把獲利配回台灣母公司，忘記提交那張申報書。日本這一端照規定扣了 20.42%，台灣母公司收到的金額比預期少了一大截。後來他們提出申請要回多扣的部分，但錢實際回到帳上花了好幾個月，台灣母公司的資金調度一度受到影響。
以技術或 IP 作價出資，會被視為台灣母公司將該資產移轉給日本子公司。 不拿現金，改用技術、軟體、專利這類東西出資，日文叫「現物出資」。既然日本稅法把它看成一次移轉，就要有價格，而且日本要求你按適當的市價評價。這是移轉訂價稅制的要求，也就是同一個集團內部的交易，價格要比照賣給外部第三人的價格。評出的市價高於這項技術的帳面價值，差額就是發生在台灣母公司一側的未實現增值（移轉利益）。在通常情況下，如果台灣母公司在日本沒有常設機構（PE），這筆利益不屬於日本國內來源所得，因此不在日本課稅；是否課稅則是台灣稅制的問題。 實務上多半不走這條路。你的台灣母公司照樣用現金出資，日本子公司拿到那筆現金以後，再向台灣母公司買下這項技術。或者跟台灣母公司簽授權契約，按約定付使用費。這樣做的手續單純得多。
為什麼最關鍵的是價格的訂定。日本的稅務機關會從移轉訂價的角度來看，即使是同一個集團內部的交易，價格也必須比照賣給外部第三人的正常市價。所以用技術出資的時候，要先有一份由外部專家出具的估值，費用不低。而且即使拿到了那份估值，還是要承擔它被稅務機關否認的風險。這兩項負擔都落在公司開始營運之前。
怎麼做1. 在決定出資方式的那個階段，如果沒有特定原因，建議把「用技術或 IP 出資」這個選項拿掉，改成現金出資。 2. 讓日本子公司用這筆現金，向你的台灣母公司買下這項技術，或者跟台灣母公司簽授權契約、按約定付使用費。
案例案例：一家台灣科技公司原本打算把自己開發的軟體原始碼拿去現物出資，並以此成立日本法人。但是無形資產的時價評價要花上數百萬日圓的專家費用，而且日本的稅務機關可能從移轉訂價的角度否認這個估值。這家公司了解這兩件事之後，放棄了現物出資。後來改成用最低限度的現金出資成立公司，軟體的部分則由台灣母公司與日本法人簽授權契約，按銷售額付使用費。
日本的稅制在資本額上有兩個門檻，1,000 萬日圓一個、1 億日圓一個，跨過去的優惠不是變少，是整項不再適用。 第一道門檻在 1,000 萬日圓。資本額超過這個門檻，消費稅的免稅事業者資格就不再適用，法人住民稅的均等割也會增加。均等割是不看損益、每年都要繳的地方稅。 第二道門檻在 1 億日圓。資本額超過這個門檻，中小企業的優惠稅制會整批不再適用，包含（1）法人稅的優惠稅率、（2）交際費可以列為費用的額度、（3）小額折舊資產一次認列費用的特例，以及（4）以前年度虧損結轉後，可百分之百扣抵當年度所得。同時，還會多出過去沒有的「外形標準課稅」。外形標準課稅按事業規模課的是事業稅，看的是附加價值和資本額，跟獲利情況無關，即使帳上是赤字也一樣要繳。
為什麼增資的時候，新創多數只看估值和股權比例，但公司登記的資本額數字變大，固定要繳的稅也會跟著變高。在日本，資本額越過門檻之後，中小企業那一批優惠是整批不適用，不是打折。台灣沒有對應制度的「外形標準課稅」這一項要特別留意，因為它不看你賺多少，看的是事業規模，所以帳上是赤字的年度一樣要繳。對還沒獲利、資本額卻很高的新創來說，這一項可能會被忽略。
怎麼做1. 在下一輪增資的條件談定之前，先把增資後登記的資本額算出來，看它會不會跨過 1,000 萬日圓或 1 億日圓這兩個門檻。 2. 如果會跨過去，重新評估這個資本額是不是真的必要，例如為了向銀行申請融資，或取得交易對象的信用。
案例案例：一家台灣新創的日本事業做得不錯，為了大規模的宣傳資金，取得台灣母公司挹注的 1 億 5,000 萬日圓增資款。資本額因此超過 1 億日圓，不只失去中小企業的特例優惠，還成為外形標準課稅的對象。即使那一年他們因為先期投入而出現大額赤字，仍產生了數百萬日圓的地方事業稅，那筆稅是按資本額與附加價值計算的。後來這家公司辦了不退還股款的減資，把資本額降回 1 億日圓以下。
分配金額中，超過股東原先投入資本的部分，日本稅法會將其視為盈餘分派課稅。 這裡的「股東原先投入的資本」，指的是股東實際繳進這家日本子公司的錢，總共多少。日本稅法給這個數字一個名字，叫「資本金等の額」。要注意的是，日本的登記簿上不一定顯示全額：股份發行的時候，繳進來的錢不一定全部計入資本金，沒有計入的那一部分會列為資本準備金，兩邊加起來才是這個數字。清算日本子公司時，把要分配回台灣母公司的總額減掉這個數字，剩下的那一段，相當於子公司在日本賺來、累積下來的利益。日本稅法把這一段稱為「みなし配当」，也就是視同盈餘分派。 這一段既然被當成盈餘分派，就跟一般的盈餘分派一樣，適用台日之間的租稅取決，也就是雙方民間機構簽的那套安排，不是政府對政府的條約。符合要件的話，日本這一端扣的源泉稅率可以降到 10%，相關細節見「把獲利配回台灣母公司會被扣多少稅」那一題。
為什麼收掉一家公司，直覺會以為把剩下的錢匯回去就結束了，但其實還有稅要處理。日本稅法看的不是「匯回去」這個動作，而是這筆錢的組成：中間有一條線，線以上的那一段，日本稅法按盈餘分派課稅。這條線畫在哪裡，會影響資金匯回台灣前要先在日本繳多少稅。
怎麼做1. 決定清算之前，先算兩個數字：一個是稅法上的「資本金等の額」，也就是登記簿上的資本金，加上列入資本準備金的部分；另一個是打算分配回台灣母公司的總額。兩者的差額就是課稅金額。 2. 這一段要用 10% 還是原則稅率，取決於有沒有在期限內辦好手續。做法請參考盈餘分派那一題，決定清算的時候，這些手續就要一起排進時程。
設立時有幾筆金額或計算方式明確的法定費用。除此之外，還可能有專業服務等變動費用。真正容易被低估的是每個月都會有的兩筆固定支出。 先看一次性的。株式会社（KK）辦設立登記要繳登録免許税，也就是登記時要繳的稅，金額是資本額的千分之七，算出來不到 15 萬日圓就以 15 萬日圓計。合同会社（GK）同樣是千分之七，下限是 6 萬日圓。KK 另外要辦定款認証，也就是請公證人確認公司章程；資本額 300 萬日圓以上的話，手續費是 5 萬日圓，GK 不必辦定款認証。章程採紙本製作，會多一筆 4 萬日圓的印花稅。採用電子定款，就不必繳這一筆。 再看第一年的固定支出。 1. 稅務顧問費（含記帳代辦）：在日本，每個月的記帳、薪資計算、年末調整，加上非常複雜的法人稅結算申報，公司要自己做幾乎不可能，所以從第一年起就會有一筆稅理士報酬，一年數十萬日圓起跳。 2. 社會保險費中的公司負擔額：只要發放董事報酬或員工薪資，公司每個月就要另外負擔相當於該筆董事報酬或員工薪資約 15% 的社會保險費。這一筆不是稅，但在現金流上是非常重的固定支出。 除了這兩筆，還有一筆不看損益、每年都要繳的地方稅，叫法人住民稅的均等割。金額與級距寫在「日本子公司的資本額一開始應該設定多少」那一題。
為什麼台灣新創在編日本的預算時，通常把設立的規費算得很清楚，卻容易漏算第一年的固定支出。這兩筆之所以容易被低估，是因為它們的性質跟設立費用不一樣：設立費用付一次就結束，稅務顧問費和社會保險費卻是在公司還沒有收入的時候，就必須每個月持續支出。社會保險費甚至不算是稅，但在現金流上一樣是重的固定支出。
怎麼做1. 編預算的時候，把「設立的一次性費用」和「每個月都會發生的固定支出」分成兩欄，不要混在一起算。 2. 固定支出那一欄，一開始就把稅理士報酬和社會保險費的公司負擔額放進去。這兩筆從第一年就開始，不會等到公司有收入才發生。